En 1798, Echallens accueille sans grand enthousiasme la révolution vaudoise. Le dernier bailli fribourgeois, du nom de Pierre Nicolas De Muller, est prié de s'en aller au plus tôt.

Echallens devient alors la capitale d'un district du canton de Vaud.

C'est sous l'acte de médiation que - le canton de Vaud étant rentré dans la Confédération suisse - Echallens devient le chef-lieu du district et du cercle de son nom.

Devenu propriété de l'Etat de Vaud par le fait de l'indépendance, le château d'Echallens - avec ses annexes, jardins et prairies - fut vendu à la commune en 1816 pour la modique somme de Fr. 12'000.--. En contrepartie, cette dernière s'engageait à aménager, dans l'ancien grenier du château, des locaux pour l'administration de la justice et les prisons. Pour payer ces travaux, elle vendit à l'Etat ses droits d'usage sur les forêts du Jorat d'Echallens.

C'est en 1842 que le pasteur Louis Germond jette à Echallens les premières bases de l'institution des diaconesses protestantes. Le siège en fut déplacé à St-Loup en novembre 1852.